Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan Universitas Musamus (FKIP UNMUS) adalah fakultas yang dibutuhkan untuk pengembangan ilmu-ilmu kependidikan, memiliki dasar hukum : a. Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 65 Tahun 2010 Tanggal 19 November 2010 tentang Pendirian Universitas Bangka Belitung, Universitas Borneo Tarakan, dan Universitas Musamus. b. Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 36 Tahun 2015 Tanggal 30 Nopember 2015 tentang OTK Universitas Musamus. c. Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 27 Tahun 2016 Tanggal 22 April 2016 tentang Statuta Universitas Musamus. FKIP UNMUS memiliki 12 (dua belas) Jurusan diantaranya :

1. Pendidikan Komputer

2. Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia

3. Pendidikan Bahasa Inggris

4. Pendidikan Fisika

5. Pendidikan Guru Pendidikan Anak Usia Dini

6. Pendidikan Guru Sekolah Dasar

7. Pendidikan Jasmani, Kesehatan dan Rekreasi

8. Pendidikan Kimia

9. Pendiidikan Matematika

10. Sastra Inggris

11. Pendidikan Ekonomi

12. Pendidikan Profesi Guru

Pada tahun 2020 dengan keluarnya Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 464/M/2020 Tanggal 22 April 2020 Tentang Pembukaan Prodi Pendidikan Komputer program Sarjana pada Universitas Musamus, maka bertambah 1 (satu) Prodi dibawah naungan FKIP UNMUS, namun sampai saat ini baru terakreditasi minimal. Latar belakang berdirinya terbentuknya program sarjana Pendidikan Komputer di wilayah Papua Selatan dengan mempertimbangkan tingkat kebutuhan sumberdaya manusia di bidang komputer kependidikan di Papua Selatan. Keberadaan Prodi pendidikan komputer (S1) dengan mempertimbangkan efisiensi waktu dan biaya sebagai langkah yang strategis untuk menjawab tingkat kebutuhan masyarakat dan juga kebutuhan tenaga ahli di sektor bidang Pendidikan pada instansi pemerintah dan swasta. Peran Prodi Pendidikan Komputer (S1) berkontribusi dalam hal penyediaan tenaga pendidik di wilayah Kabupaten Merauke dan kabupaten pemekaran yaitu Kabupaten Boven Digoel, Kabupaten Asmat, dan Kabupaten Mappi sesuai dengan disiplin ilmu. Prodi Pendidikan Komputer (S1) pada UNMUS merupakan satu-satunya Prodi S1 pada Universitas Negeri di Papua. Seluruh proses administrasi, keuangan, akademik dan kemahasiswaan telah menggunakan fasilitas online.